Anne ve baba adaylar çevreden duydukları bazı rivayetlerden dolayı tüp bebek uygulamasında alınan ilaçların vücuda negatif etki yaptığını düşünmektedir. Bu sebepten dolayı da tüp bebek uygulamalarına ön yargılı bakmaktadır. Fakat tedavide yumurtayı geliştirmek için alınan ilaçların hiçbir negatif etkisi yoktur.
Birçok bilim adamının yaptığı sayısız deney ve araştırmalar bu düşüncenin gereksiz olduğunu kanıtlamıştır. Alınan ilaçların kanser yapma ihtimali söz konusu bile olamaz. Ayrıca yumurtalık kanseri olma olasılığı bebek sahibi olmayan bayanlarda daha çoktur. Yani bu duruma sebep olan kısırlık tedavisi olamaz. Tüp bebek uygulamalarında tercih edilen ilaçların farklı yan etkilere sahip olabilir. Bunlar yan etkileri şöyle sıralayabiliriz;